Baltra Island staat ook bekend als South Seymour. Hier ligt de belangrijkste luchthaven van Galapagos. Aankomende bezoekers worden er door de natuurgids of door een andere bemanningslid van de cruiseboot opgewacht met een bordje met de naam van de boot. Dan volgt een korte busrit vanaf de luchthaven naar de haven waar de boten wachten op de passagiers om de cruise aan te vatten.

De luchthaven van Baltra werd tijdens de Tweede Wereldoorlog gebouwd door het Amerikaanse leger ter bescherming van het Panama Kanaal. Gedurende deze periode werd het grootste deel van de inheemse fauna van het eiland uitgeroeid. Landleguanen zijn pas sinds kort met succes opnieuw geintroduceerd. Ze kunnen worden gezien in de buurt van de luchthaven.

Baltra is momenteel een Ecuadoriaanse marinebasis en ligt niet binnen de grenzen van het Galapagos Nationaal Park.